Meu condutor foi identificado no momento da infração, mas no Frota ainda tem o botão de indicação de condutor. Devo indicá-lo mesmo assim?

Não precisa! Você pode somente (por controle interno) adicionar o condutor responsável da infração, e alterar o status como desejar. Outra sugestão é usar o campo de observações da notificação pra deixar o aviso de quando/como o condutor foi identificado, para que não ocorra uma indicação indevida.